CFUはColony forming unit（コロニー形成単位）の略で、生菌数（生きている菌の数）を表す単位です。
「個」ではなく「CFU」という単位を用いる理由を下記に説明します。
生菌数を測定する一つの方法として、試験液を接種・培養した培地に形成された集落数を数える方法（希釈平板培養法）があります。
1個の集落はもともと1個の生菌が増殖し、形成されたものとみなし、「集落数=生菌数」とするのがこの方法の基本的な考え方です。
しかし、厳密には集落が必ずしも1個の生菌から形成されたものとは限らないことから、この方法で測定した生菌数を表す場合に、CFUを使うことが一般的に行われます。
なお、規格によっては生菌数の単位に「個」を用いていることもございます。