試料中に占める割合が多い順に数種同定することはできますか？

試験実施可能です。
試験手順は、検体の生菌数測定を実施後、分離された微生物の同定という流れとなります。
生菌数測定が完了した時点で、生菌数と分離された菌種数を一旦ご連絡し、その後同定を実施します。
試験方法の特性上、検体に微生物が複数種類存在しても、それぞれの生菌数に概ね100倍以上の差がある場合は、生菌数が少ない方の種の検出ができません。あらかじめご了承ください。