検体を顕微鏡観察・培養し、培養された微生物を純培養した後、細菌・酵母は遺伝学的または生化学的方法、カビは形態学的または遺伝学的方法で同定します。
試験方法の選択は、試験目的、試験に要する時間・費用、分離した微生物の種類を考慮して行います。 例えばカビについては、遺伝学的方法のみでは正しく同定が行えず、形態学的方法を組み合わせて行う必要がある場合があります。
＊遺伝学的方法とは培養されたコロニーまたは培養液からDNAを抽出し、PCR・シーケンシング反応を経て、データ解析を行う方法です。
＊MALDI-TOF/MSを用いた同定は、現時点では行っておりません。