微生物の試験では顕微鏡を多用するイメージをお持ちの方もいらっしゃるかもしれませんが、生菌数測定の際は、通常顕微鏡は用いません（広告において、イメージとして顕微鏡を覗いている写真などを使用する例はあるかもしれません）。
生菌数を測定するときは、測定する試験液の段階希釈（10倍希釈系列など）を行い、試験液と各希釈液を培地に接種し、一定時間培養した後にコロニーを計数し、希釈倍率から生菌数を換算します。
菌数測定の方法の中には、直接顕微鏡で見て計数する方法（直接的顕微鏡計数法）もありますが、生菌と死菌を区別できない、誤差が出やすい、菌が低密度の試験液には適さないなどの問題点があり、生菌数測定には通常用いません。