試験に用いる菌種を教えてください。また、規格に規定されている菌種以外で実施したほうが良い菌種はありますか?

規格等に規定されている菌株、もしくは貴社ご指定の菌株を使用します。
例えば、第十八改正日本薬局方 保存効力試験法では下記5菌種であり、これらが最もご依頼の多いケースです。

大腸菌:Escherichia coli NBRC 3972
黄色ブドウ球菌:Staphylococcus aureus NBRC 13276
緑膿菌:Pseudomonas aeruginosa NBRC 13275
カンジダ菌:Candida albicans NBRC 1594
クロコウジカビ:Aspergillus brasiliensis NBRC 9455

過去にトラブル等で製品から分離・同定された菌種があるなど、具体的な意図があれば、その他菌種を追加することもございます。
枯草菌 Bacillus subtilis(芽胞状態)やZygosaccharomyces rouxii(好稠性酵母)、アオカビ Penicillium citrinum、クロカビ Cladosporium cladosporioidesなどをご依頼いただくこともあります。