生菌数について、どれくらいで有意差と判断すればいいですか?

微生物の生菌数について、一般的に約10倍以上、あるいは常用対数値で0.5以上の差をもって有意差と判断します。
(日本薬局方の保存効力試験の項目では、常用対数値で0.5を増減の判断基準としています。)

試験繰り返しの各回数の中でのばらつき(多くのケースでn=3で試験をします)や、コントロールにおける傾向などを見て、総合的に判断します。

なお、全く同じ検体で同じ試験をしても、10倍、100倍の差が出ることもありうることです。