JIS Z 2911のプラスチックの試験では方法A・Bどちらが適切ですか？

試験の目的により変わってきます。

方法Aは、積極的な栄養を添加せずに行う試験ですので、検体自体がカビの栄養になるかどうかを調べる目的で用いられます。
方法Bは、積極的な栄養を添加して行う試験です。検体表面にカビと栄養が存在した場合に、発育するのか抑制されるのかを調べる目的で用いられます。

また、複数の検体を比較して差を見る際には、対照の検体には少なくともカビが発育する必要がございます。
それらも踏まえまして、試験方法の選択をする、もしくは細かな部分をアレンジして、適切な試験方法を設計します。